相似性研究的目的是确立生物类似药和参照药之间的相似性，同时对生物类似药和参照药中可能存在的微小差异进行充分研究论证，以确认生物类似药具有与参照药一致的安全性和有效性。
检测项目及分析表征方法的选择
选择合适的检测项目来证明生物类似药与参照药之间的分析相似性是相似性评估的重要环节。在科学理解各个质量属性与产品质量、安全性和有效性之间的关系基础上进行检测项目的选择，在分析相似性研究中至关重要。一个全面、完善的分析相似性评估方案应当能识别和评估可能影响产品有效性和安全性的相关质量属性的相似性。基于法规要求以及对产品的理解，这一评估通常包括一系列产品质量属性的比对研究：理化结构特征、生物学活性、免疫学特性、纯度和杂质等;加速或强制稳定性比对研究由于可检测到降解趋势和常规条件下观察不到的细微差异，通常也包含在分析相似性研究方案中。工艺相关杂质一般不包括在相似性比对分析评估中，但应检测、识别和准确定量这些具有生物学意义的杂质，并确认在生产过程中实现了杂质清除和病毒灭活，以确保产品安全性。
在药学相似性比对分析中，应选择合适的分析表征方法以尽可能灵敏地反映生物类似药与参照药之间可能存在的差异。小分子化学药的结构简单，分析表征的难度相对较小，其仿制药能做到与参照药完全一致。而蛋白药物通常由成百上千个氨基酸残基组成，分子量在几万甚至是几十万道尔顿，拥有一级、二级、三级甚至四级结构。在细胞表达的过程中，蛋白药物还会发生糖基化、氧化、脱酰胺和糖化等各种翻译后修饰，导致蛋白药物的结构非常复杂且微观不均一。因此，理论上生物类似药不可能做到与参照药完全一致，只能做到尽量相似。为了评估候选生物类似药与参照药在结构上可能存在的细微差异对安全性和有效性的影响，应采用适宜的技术进行生物制品的质量特性分析。在对生物类似药与参照药进行比对分析表征研究时，中国药品监管机构建议优选与原研产品一致的分析方法，而欧美的监管机构鼓励优先使用最先进的(state-of-the-art)分析技术和敏感的方法，这样能够更加灵敏地反映样品之间的差异。另外，对于关键质量属性，需要采用多种正交互补的方法从不同角度进行比对研究。
例如，齐鲁制药的生物类似药安可达与罗氏的参照药安维汀的药学相似性研究中设计了100余项检测指标，对比研究涉及结构、理化性质、活性、纯度等各方面。对于各项质量属性，首先根据参照药的信息、文献资料以及对抗体类药物的认识等，从有效性或活性、PK/PD、免疫原性、安全性的潜在影响方面对每一个质量属性进行风险评估，根据质量特性与临床效果的相关性，设立判定相似性的限度范围。通过相似性对比，证明生物类似药与参照药具有相同的氨基酸序列，且结构、理化特性、活性功能、杂质的种类和含量等方面与参照药高度相似。
