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刚刚!辉瑞和谷歌云合作,利用新AI工具,加速药物研发...

嘉峪检测网        2023-05-17 20:14

5 月 16 日,在生物 IT 世界大会上,谷歌云宣布了两个新的人工智能生命科学解决方案,即 Target and Lead Identification Suite 和 Multiomics Suite,以加速生物技术公司、制药公司和公共部门组织的药物发现和精准医疗。
 
Target and Lead Identification Suite 现已在全球上市,可帮助研究人员更好地识别氨基酸的功能并预测蛋白质的结构,加速药物发现。
 
Multiomics Suite 加速了基因组数据的发现和解释,帮助公司设计精确的治疗方法。
 
1、Target and Lead Identification Suite
 
加快靶点和先导物识别对于药物发现至关重要。据英国药理学杂志报道,目前,开发一种新药可能需要 12 到 15 年的时间,耗资超过 10 亿美元。此外,确定与疾病相关且可用于药物干预的生物靶标可能需要长达 12 个月的时间。同时,大多数公司使用 X 射线晶体学和核磁共振 (NMR) 来确定蛋白质的三维结构,但这有很高的失败率。最后,一旦药物发现过程开始,就很难根据需要扩大或缩小支持技术。
 
Target and Lead Identification Suite 使生物制药公司能够更高效地进行计算机药物设计,从而更快地将治疗药物推向市场。其靶标识别将帮助企业快速预测抗体结构,评估氨基酸诱变的结构和功能,并加速蛋白质的从头设计。
 
该解决方案还支持先导化合物优化,可用于以低成本发现新颖、高质量的候选化合物,用于定量构效关系 (QSAR) 研究或自由能微扰 (FEP) 计算。
 
Target and Lead Identification Suite 包括:
 
数据摄取:允许公司简化数据的摄取、共享和管理,包括通过公共数据集发现更多数据用于研究,以及使用谷歌云的分析中心与其他组织安全地交换数据资产。
 
目标识别:使用AlphaFold2和Vertex AI管道,组织可以更准确地预测蛋白质结构,最大限度地减少传统方法的高失败率。
 
先导物识别:借助经济高效的高性能计算资源,该解决方案可加速靶标发现、先导物候选物的制备和虚拟高通量筛选,以找到最有前途的先导物候选物分子,从而开启成功的药物发现管道。
 
Target and Lead Identification Suite 的早期采用者包括辉瑞等跨国制药公司和 Cerevel 等行业领先的生物技术公司。
 
“我们正在与谷歌合作,探索 AlphaFold2 如何可能加速我们的药物发现过程,加快我们的研究人员在谷歌云的可扩展、加速器优化计算平台上进行实验的能力”,辉瑞公司首席计算科学家 Nicholas Labello 说。
 
2、Multiomics Suite
 
基因组差异会影响对某些疾病的易感性以及人们对药物的反应方式,增加基因组理解的多样性和池有助于实现精准医学的潜力。但是,利用基因组数据的指数增长需要许多组织无法支持的大量资源。此外,随着数据量持续增加,每 7-12 个月翻一番,获取、存储、分发和分析基因组数据的成本也很高 ( BMC Bioinformatics )。
 
Multiomics Suite 通过将多组学数据转化为洞察力来推进科学发现,从而推进精准医疗。组织可以使用此解决方案来简化和加速基因组数据的分析、设计临床基因组学、加速个性化医疗以及解释基因组数据以解锁新发现。
 
该解决方案还为研究人员和数据科学家提供协作结构和流程,从而节省开发新路径、算法或方法的时间。
 
Multiomics Suite 的与众不同之处在于它与云无关,允许组织在简化的环境中利用现有的多组学投资。它还通过 Vertex AI 提供完整的可追溯性,因此客户可以在其云环境中组织数百万个工件。
 
最后,它利用 Google Research 的强大功能来转换数十万个文件、样本和记录,以将变体调用格式 (VCF) 文件从 Google Cloud Storage 加载到 BigQuery 中进行分析。
 
Mutiomics Suite 包括:
 
数据摄取和分析:允许组织简化数据的摄取、共享和管理,使用 Collibra 的数据集仪表板通过公共数据集发现更多数据用于研究,并使客户能够使用 Analytics Hub 与其他组织安全地交换数据资产。
 
二次分析:使组织能够将带有全基因组关联研究 (GWAS) 管道的原始序列文件摄取到Google Cloud Storage中,使用Batch API和 NVIDIA 的 Parabricks 提取变体以使用 GATK 和 Google 的 DeepVariant 等工具加速基因组分析,并使用Compute加速处理以可扩展、安全且经济高效的方式将原始测序 (DNA/RNA) 数据转化为可操作见解的引擎。
 
三级分析:允许客户识别与特定疾病或特征相关的基因,将其整合到多模态数据集中,使用 Variant Transform 和 BigQuery 处理和分析变体,使用 Vertex AI 扩展 AI 和机器学习,并使用 Looker 可视化见解。
 
Colossal Biosciences 战略与计算科学副总裁Alexander Titus博士说:“与开源工具相比,借助 Multiomics Suite,Colossal 的总成本降低了 52%,执行全基因组序列分析的时间缩短了 88%,这证明了整体计算效率的显着提高。这加快了我们的速度为地球上所有生命解决关键问题的能力。”
 
谷歌云的交付合作伙伴生态系统为 Target and Lead Identification Suite 和 Multiomics Suite 提供专业的服务实施,以帮助生命科学组织大规模部署。这些合作伙伴包括:EPAM Systems, Inc.、Form Bio、Max Kelsen、Omnigen、Quantiphi 等。
 

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来源:智药局