温度升高的趋势是保留时间提前，一般柱温增加1℃，保留值通常减小1~2%。保留值改变也可引起分离度变化，理论上说，温度提高有利于提高柱效，增加分离度，但由于不同物质对温度的敏感程度不同，这也不是绝对的。用温度优化液相色谱分析方法的优点是使用方便，不需要更换色谱柱和流动相，是改变峰间距和改善分离的有效参数。
同时升高柱温，会改变流动相的粘度(一般表现为柱压降低)和分析物的溶解性，进而影响某些物质的保留特性和选择性；而温度的不平衡会导致峰扭曲变形。因此柱温在液相色谱分离过程中扮演了一个重要的角色，如果想得到稳定可靠的分离结果，色谱柱的温度变化是不可忽视的。对于液相色谱来说，柱温升高可加快分离过程，但因样品保留时间不稳将增加检测工作的麻烦，分辨率也可能下降；相反，当柱温低时，分辨率提高，但分离过程时间会加长，因为在温度低的情况下，流动相黏度增加会延长检测时间，增加泵的磨损，同时，溶解度相对下降会出现缓冲盐结晶而堵塞泵、进样阀、管道、色谱柱的现象，杂质吸附在填料上而难于洗脱，从而影响色谱柱的使用寿命。
