微生物防控一直是制药洁净室关注的核心问题之一。微生物污染会导致药品污染，不但可能影响药品质量品质，甚至造成严重的安全事故。消毒是控制微生物污染的主要手段，也是制药洁净区的核心工作之一。
化学消毒的发展迄今已有百余年历史，出现了各种各样不同成分和类别的消毒剂，在此进行简单介绍，希望有助于选择合适的消毒剂。
醇类
脂肪族醇类消毒剂的代表为乙醇和异丙醇。它们可以杀灭营养细胞，但是不能杀灭细菌芽孢。它们具有清洁能力，挥发性，杀菌速度较快。作为有机溶剂，它们的杀菌效果可能部分是由于它们能够从细菌细胞膜中提取脂质，从而破坏其功能，并使细胞蛋白变性。
乙醇是一种广泛应用的消毒剂。水的存在对活性至关重要，100%的乙醇是相对无效的。浓度在60%到95%之间可以杀菌，通常使用70%的溶液用于物表消毒，皮肤消毒等。
异丙醇的杀菌活性略高于乙醇，但其毒性也大于乙醇的，使用浓度为60-70%，主要用于物表消毒。
醇类会发出的蒸汽具有易燃性和较低的爆炸极限，因此不建议大范围使用，避免潜在的安全隐患。在洁净室内一般用于设备，台面等的消毒。
季铵盐化合物(QACs)
不同类型季铵盐结构
季铵盐化合物是一种非常流行的和消毒剂。例如苯扎氯铵和十六烷基氯化吡啶。它们同时也是一种表面活性剂，具有消毒能力和清洁能力。由于它们是阳离子的，其的作用涉及穿透带负电荷的细胞膜，导致其破坏。许多的漱口水都含有这些药剂，这也说明它们对人类的低毒性。传统单链结构的季铵盐（如苯扎氯铵）的杀菌效果较弱，随着科技的发展，一些新型季铵盐，如双长链产品的杀菌效力有很大提升。
在制药洁净室内，季铵盐类消毒产品由于其低毒、低成本而广泛应用于地面、墙面等的日常消毒。
卤素类
氯和碘属于被称为卤素的化学元素。无机氯化合物，主要是次氯酸盐（如84消毒液），也被广泛用作消毒剂。在水的存在下，次氯酸盐被转化为次氯酸，这是一种的强力氧化剂。次氯酸盐的主要作用被认为是巯基的氧化，这对许多细胞蛋白质的功能至关重要。次氯酸盐是一种“古老”的，仍然广泛使用的含氯消毒剂，它容易获得，价格便宜，并与大多数阴离子和阳离子表面活性剂兼容。它们对包括真菌和病毒在内的多种微生物都表现出快速的杀灭作用，高水平的可杀灭分枝杆菌和细菌芽孢。它们的缺点是它们具有腐蚀性，容易被有机物失活，并可能变得不稳定。最常见的是次氯酸的钠盐或钾盐。
制药洁净室环境下很少使用次氯酸类产品，因其对不锈钢制品有很强的腐蚀性，部分企业将其用于地漏液封。
过氧化物类
过氧乙酸和过氧化氢是代表性的过氧化物类消毒剂，他们都是强氧化剂，是高水平的消毒剂，因为它们能产生高活性的羟基自由基。过氧化氢和过氧乙酸它们的分解产物是无毒的和可生物降解的优点。
过氧化氢用于杀菌消毒已有一个多世纪了，随着其稳定性的提升，其应用也越来越广泛。通常使用浓度为3-6%。有机物的存在会影响其消毒效果，消毒前应做好清洁。
过氧乙酸是乙酸的过氧化物，是一种比过氧化氢更强的消毒，对分枝杆菌、真菌、病毒和细菌芽孢等具有良好的快速杀菌活性。它可以用于液相和气相，并在有机物的存在下具有活性。在医疗领域它可作为柔性内窥镜等医疗设备的化学灭菌剂而增加使用或作为透析机的冷灭菌剂。
过氧化性和过氧乙酸对人员较高的刺激性，应用于物表消毒时应注意做好个人防护和环境通风。同时由于对材料有较强的腐蚀性，一般作为杀孢子剂定期使用来预防或处理环境中可能存在的霉菌或细菌芽孢。
