微生物在自然界分布广泛，不同来源的微生物可通过各种途径污染暴露于环境中的食品，影响食品的特性。由于食品的原料主要来自生物材料，食品本身往往可成为微生物生长的良好培养基，污染的微生物可在食品上生长繁殖。微生物污染食品的危害有两种：造成食品本身的变质或引起食源性疾病。食源性疾病又根据其原因的微生物特性、临床症状和传染性的有无等分为食源性传染病和微生物性食物中毒两种。污染的微生物的种类和数量除与食品本身的理化特性和营养特性有关外，还与微生物污染来源和途径有关。

一、食品中微生物的种类

食品中污染的微生物根据其危害性不同可分为腐败菌和病原菌。腐败菌的绝大数为非致病和条件致病菌，少数为致病菌。

（1）微生物数量的变化

食品中存活的微生物数量，以食品种类和加工处理方法不同而异。一般食品的活菌数为104—107个/g，如活鱼的肉组织是无菌的，但在表皮上活菌数目为103—108个/g，鳃、肠道附着的活菌数为103—106个/g。鱼死后，这些菌就会侵入肌肉组织内。冷冻鱼、贝类也存活菌，数量为102—105个/g。刚煮熟不久的米饭中，也附着有102—103个/g残存的耐热性细菌芽孢。

（2）微生物的菌相变化

污染食品的微生物以相互拮抗、竞争或共生状态随时间而变化，从复杂的微生物菌群转变为较单纯的微生物菌群，当食品的水活性高、含糖丰富时，细菌繁殖占优势；干燥食品和水果、蔬菜等，霉菌生长良好。通气性好的食品和表面积大的食品，需氧微生物多；反之，通气不良的食品内部，厌氧微生物为主。通过基质的分解、代谢产物的积累及随之pH发生变化等，微生物菌群构成也会发生变动。

（3）摄入菌的变化

与食品一起摄入的少量微生物，一部分被胃酸所杀灭，残存的和耐酸的细菌到达十二指肠后，由于胆汁酸的作用，生长受抑；到达小肠后，由于肠内固有菌群的拮抗作用多被杀灭。残存菌也不在肠内定居，随粪便排出体外。因而，少量经口摄入的微生物一般对于人体是无害的。但食入大量致病菌，抑制了正常微生物菌群，则可引起消化系统疾病和发生食物感染性中毒。某些微生物（如伤寒沙门氏菌）还可通过肠壁淋巴管侵入血液，引起全身感染。

二、食品中微生物的污染途径：

微生物对食品的污染途径是多方面的，主要通过水、空气、人和动物、用具及杂物等。

1、通过水污染

（1）自来水管有漏洞、管道中压力不足以及暂时变成负压时，管道周围泥土中的微生物容易进入管道，若用这种水来处理食品，不仅会引起微生物污染，同时还有将其他物质带入食品中去的危险。

（2）在屠宰加工厂中经常可以发现屠宰后牲畜体表沙门氏菌检出率明显高于宰前畜生粪便中沙门氏菌的检出率。原因在于一系列宰杀、除毛、拉肠的工序中，皮毛、肠道内微生物通过水的散布而扩散，这些含有微生物的液体也经常通过污水的排出向周围环境扩散。

（3）食品生产过程中如果直接应用未经净化、消毒的天然水，则会有较多的微生物污染食品，同时还可能有其他污染物和有毒物品使食品污染。

2、通过空气污染

空气中的微生物分布是不均匀的，空气中的微生物的变动情况与灰尘变动的情况大体相似。随着灰尘、飞沫的飞扬或沉降，将微生物附着在食品上。人的痰沫与鼻涕的小水滴含有的微生物，在讲话、咳嗽或打喷嚏时均可直接或间接污染食品。人在讲话或咳嗽时，距人体1.5米内的范围是直接污染区，大的水滴成浮游状停留在空气中能达30分钟之久，小的水滴可在空气中停留4—6小时，因此食品暴露在空气中被微生物污染是不可避免的。

3、通过人及动物污染

人经常接触食品，因此人可作为媒介，将有害微生物带入食品造成污染，特别是人的手接触食品的时间最多，污染也最为常见。食品制造的从业人员，如果身体和衣服不经常清洗、消毒，不保持清洁，就会有大量的微生物附着，通过皮肤、头发、衣帽与食品接触而造成污染。食品制造储藏的场所也是鼠、蝇、蟑螂等一些小动物经常出没的场所。这些动物体表、消化道均带有大量的微生物，因此他们也是微生物的传播者。

4、通过用具及杂物污染

应用于食品的一切用具，如原料的包装容器、运输工具、生产加工设备和成品的包装材料或容器，都有可能成为媒介将微生物带入食品，造成污染。食品加工用具在未消毒或灭菌前总是带有不同数量的微生物。遇到包装物品的更换和运输环节的变动，就会造成更多的污染，特别是装运易腐败食品的运输工具和容器，用过后未经彻底清洗和消毒而连续使用，会因残留较多的微生物，进而污染以后装运的食品。食品在加工过程中，不经高热杀菌的设备越多，造成污染的机会也越多。已经过消毒或灭菌的食品，还常因包装材料或容器不洁净使含菌不多的食品或无菌的食品重新遭受污染，这样的食品不易保藏或者产品一经包装完毕后，即已成为不符合食品卫生质量标准的制品。

三、食品中污染微生物的消长

食品中存在的微生物，是从不同的污染源，通过各种各样的途径，将微生物传播到食品中的。由于污染源不同，在食品中出现的微生物种类也是复杂的。食品中的微生物在种类和数量上会随着食品所处的环境的变动和食品性状的变化不断的变动着，这种变动所表现的主要特征就是食品中微生物出现数量增多或减少，即食品中微生物的消长。食品中微生物在数量上出现的消长现象，通常可以分几个阶段。

1、加工前

食品加工前，不论是动物性原料或植物性原料都已不同程度的被微生物所污染，由于运输、贮藏等原因，常造成食品污染的机会增多，以致原料中微生物不断增多。尽管有些微生物污染食品后，因不适应环境而死亡，但微生物总数一般不减少而是增多。这种微生物增长的现象，在一些新鲜的鱼肉和果蔬类食品原料中较为显著 ，即使食品原料在加工前的运输和贮藏等过程中，为防止污染，采取了有力的卫生措施，但早在原料产地已被污染而存在的微生物，如果不经过一定的灭菌处理，是不易除去的。从食品加工前后来看，加工原料中含有的微生物不论在数量上或种类上，一般情况下，总是比加工后要多得多。

2、加工过程中

食品加工过程中，某些操作措施对微生物的生存可能是不利的，特别是清洗、加热、杀菌或灭菌。在正常情况下，这些处理措施可使食品中的微生物数量明显下降，甚至可以完全清除微生物。但当原料的微生物污染特别严重时，微生物的下降速度就会减缓。在加工过程中食品也可能遭受到再次污染，即所谓的二次污染。但在一般卫生条件良好的情况下，只会少量污染，故食品中的微生物总数不会有明显的增多。残留在食品中的微生物在加工过程中如能繁殖，也会出现微生物数量骤然上升的现象。

3、加工后

食品在贮藏中，可能残存微生物或二次污染微生物，条件适宜，就会繁殖，使食品腐败变质。在食品变质的过程中，微生物数量会骤然显著增多。当食品中微生物所需营养物质缺乏，使变质后的食品不利于微生物生长，微生物会逐渐死亡，这时的食品已不宜食用。如在已变质的食品中，某些能适应其环境的微生物继续生长繁殖，也可能出现微生物数量再度升高的现象。