过滤工艺在使用之前，是需要对除菌过滤器进行灭菌的。常见的三种灭菌方式分别为辐射灭菌、灭菌器灭菌以及在线蒸汽灭菌。
辐射灭菌，通常用于一次性产品，由于辐射累积剂量的影响，通常不应被多次灭菌。也就是说，辐射灭菌以后的的过滤器失效后，是不建议再次灭菌和使用的。
灭菌器灭菌，通常采用脉动抽真空的灭菌方法。我们常用的囊式过滤器通常采用灭菌器灭菌。囊式过滤器是不可以使用在线蒸汽灭菌的，在线蒸汽灭菌会直接损坏囊式过滤器。
囊式过滤器灭菌器灭菌的常见问题如下：
1、囊式过滤器主体的变形，主要考虑过滤器进出口是否被堵住；进出口软管是否折叠或者别被夹住；包裹囊式过滤器用的灭菌无纺布/灭菌袋选择是否合适，无纺布/灭菌袋如果透气性差，内部耐受较大的压差，也会出现主体的变形；排气/排液阀是否关闭。
2、囊式过滤器进出口的变形，主要考虑连接的配件过重，而导致进出口变形；卡箍夹的是否过紧。
3、囊式过滤器排气口变形，主要考虑排气/排液阀是否连接了较重的配件，过度承重而出现变形。
囊式过滤器灭菌器灭菌时，过滤器排气/排液阀和进出口必须保持全开和畅通，以保证良好的空气流通、蒸汽渗透和冷凝水排放。过滤器软管，选择内径尽可能大的软管，软管保持开放且畅通无阻；软管不应弯曲、折叠或者呈U形；禁止将进出口两根软管连接形成环路。卡箍/不锈钢配件，建议使用两片式的塑料卡箍或者三片式的不锈钢卡箍进行连接，保证受力均匀，避免过紧形变；如果过滤器连接了不锈钢配件，请勿使过滤器尤其是排气阀承受这些配件的重量。
在线蒸汽灭菌，是采用在线蒸汽的方式进行灭菌。在线蒸汽灭菌，既要保证灭菌效果又不损坏过滤器，灭菌系统的设计和操作非常重要，包括冷凝水的排放、压差的控制等。
在线蒸汽灭菌的（SIP）设计，如果灭菌系统包含了料液系统、储罐和呼吸器的话，这样复杂的系统或者设备应设计为分段灭菌，料液系统灭菌和储罐呼吸器系统灭菌分开分别灭菌。每一部分的灭菌应该有独立的冷凝水排放管路。两步灭菌就会涉及到无菌边界的设计，无菌边界的灭菌，蒸汽应该为单一方向，同时进入相反方向的蒸汽是不正确的，两个方向的蒸汽出现是没办法保证无菌边界被蒸汽穿透的，无菌边界应该分两步进行，需要两步灭菌保证蒸汽穿透无菌边界。
产品过滤器的SIP系统，是可以进行正向的灭菌也可以进行反向的灭菌。反向灭菌时要注意，只有经过验证可以反向灭菌的过滤器才可以进行反向灭菌。对于正向灭菌的过滤器，是和小体积的罐体一起参与灭菌的，灭菌过程中要仔细检测压力和蒸汽流通情况，建议最大的罐体体积不过超过20L/10inch过滤器。不管是正向灭菌还是反向灭菌，应该在过滤器的上下游安装压力表，实时监测压差，保证过滤器不超过它的最大耐受。在高温的状况下，过滤器的最大耐受压差是减小的，应注意操作温度，避免过滤器的损坏。
气体过滤器的SIP系统，多数情况下，疏水性过滤器为反向灭菌，蒸汽从罐体进入，反向灭菌呼吸器。这种情况下，呼吸器推荐使用带卡扣翅片的呼吸器。并且在过滤器的上下游需要安装压力表，实时监测SIP过程中，过滤器的最大耐受。同时，温度探头应放置在呼吸器和罐体的最冷点，确保SIP过程中，最冷点也达到SIP要求。
在线灭菌器灭菌时，如果过滤器发生鼓胀，考虑是因为反向压差过大；过滤器发生压瘪，考虑是因为正向压差过大；过滤器出现烧熔，考虑是因为SIP过程中温度控制不好，超过过滤器外壳材料的熔点出现的；过滤器局部如果出现变色，考虑是因为过滤器在SIP之前进行了润湿和完整性测试，过滤器是湿的且温度较低，高温的蒸汽过来后会在冷的表面冷凝放热，而出现局部变色的情况。
SIP系统在操作过程中，可能会出现升温比较慢的情况，首先要排查温度探头的安装位置是否合适，是否连接了较长的管路或者较大的储罐，都可能会出现升温较慢的情况。过滤器如果是湿灭的话，也会出现升温比较慢的情况。另外，如果SIP后完整性测试失败，主要核查过滤器在升温或者降温阶段，压差控制是否合适，是否超过了过滤器的最大耐受。
