1、行政管理机构

日本政府管理养殖水产品质量安全的机构包括农林水产省、厚生劳动省和食品安全委员会。

农林水产省主要负责国内生鲜水产品生产环节的质量安全管理；水产品投入品(渔药、饲料等)的监督管理；水产品品质和标识认证以及认证产品的监督管理；消费者信息搜集和沟通等。农林水产省下设水产厅、消费者安全局和食品安全危机管理小组。水产厅着重行业生产管理，负责水产品经营、加工与流通、资源保护、渔业生产监督、指导等；消费者安全局侧重消费者利益保护，负责产品规格标识、价格对策、水产品生产过程风险管理、风险通报等；食品安全危机管理小组是农林水产省新设立的部门，负责应对重大食品安全问题。

厚生劳动省主要负责加工和流通环节水产品安全监督管理。农林水产省和厚生劳动省之间分工不同,但又有合作。例如，渔药残留限量标准的制定工作需要两个部门共同完成。

食品安全委员会主要负责实施食品安全风险评估和对风险管理部门进行政策指导与监督。委员会下设事务局和专门调查会。食品安全委员会有权独立对所有食品的安全性进行科学分析、检验,并指导农林水产省和厚生劳动省的有关部门采取必要的安全对策。

2、主要法规标准

日本与水产品质量安全相关的法律主要有食品安全基本法、关于农林物质及质量标识标准化法(JAS法)、食品卫生法、药事法等。

食品安全基本法的要点是：确保食品安全，以科学方法进行风险评估，实行全程质量监控；倡导地方政府和消费者共同参与；坚持协调政策原则，在决定政策之前进行风险评估，重点进行必要的危害管理和预防，并实施风险信息交流；建立食品安全委员会。
JAS法确定了日本农林规格和食品品质标准。其中的食品品质标识标准中与水产品相关的有：个别鲜活类食品品质标准2项(含水产品标
识标准l项)；加工类食品原产地标识标准8项(含水产类6项)；肉食类加工品及鱼糜制品标识标准1l项(含水产鱼糜制品类3项)；水产品标识标准9项。

食品卫生法规定了食品的成分规格、药物残留标准、食品的标识标准、有关食品生产设施标准、管理运营标准等标准设定的框架，明确了对国内流通及进口食品质量监督管理的程序及处罚。

药事法规定了动物医药品制造及进口的禁止事项，现行的水产养殖用药使用规定和水产养殖用药通报就是基于该法制定的。