由于食品过敏原被加工后很难通过感官识别，食品厂家也可能在不知情的情况下使用这些含过敏原的原料，导致企业在进出口贸易上因过敏原标注不合格而蒙受损失，因此过敏原检测是监控食品原料和成品过敏原的有效方法，目前进行食品过敏原检测最主要采用的是PCR法和免疫检测法。这两种方法各有长处和弊端，那么在实际应用中该如何选择呢？

　　PCR（含荧光PCR）法并不直接针对食品中的过敏原，而是通过分析食品中是否还有该过敏原物种的基因成分，从而推测该产品是否含有该物种的过敏原，检测结论为“检出xx成分”。商检发布了一系列以SN/T 1961开头的过敏原PCR检测方法行业标准，该方法基于扩增反应，灵敏度非常高，痕量的物种残留即可检出。但是，由于该方法并不是直接以过敏原作为检测靶标，在某些产品上会出现假阳性，比如大豆油作为大豆的油脂一般不含有大豆蛋白过敏原，然而PCR方法检测结果往往会显示为阳性；还有蛋、奶等过敏原由于不能排除鸡肉和牛肉的干扰，也不可使用该方法进行判定。

　　免疫学方法是以抗原抗体反应为原理，利用过敏原作为一种抗原能被抗体识别的特点进行检测。该方法目前最成熟也最通用的是酶联免疫吸附法（ELISA）和胶体金免疫层析法，这类方法直接以过敏原作为检测对象。胶体金免疫层析法是过敏原的定性检测方法，检测结论为“xx过敏原阳性”。ELISA法可对食品中的过敏原进行定量检测，出具的结果一般是xx蛋白的定量结果，如今国外多家公司已开发基于该方法的食品过敏原检测试剂盒和试纸条，主要过敏原大多都有相应的检测试剂盒和试纸条，使其使用更加简便，加速了该方法的推广；但是免疫法的检测限一般为0.1-10ppm之间，灵敏度和PCR相比任然有差距。

食品生产企业在进行食品过敏原检测时可根据产品情况区别选择上述两类方法，也可以将配料和成品委托有资质的第三方检测机构进行检测。