样品过滤，旨在进样前除去样品中的颗粒物，该过程普遍存在于样品制备工作流程中，我们应当对我们使用的过滤器给予足够的关注。过滤器主体和过滤器材料有许多种，使用的样品性质和溶剂种类将决定我们如何选择。下图总结了典型的过滤材料及其应用（溶剂和pH相容性），以表明选择正确过滤材料的重要性。

以上所述的滤膜材料仅是品类繁多的滤膜材料中的一部分，有关过滤器材料的化学相容性和各种应用类型适用性的更多信息，可以进一步咨询供应商，但是必须指出的是滤膜与待研究的目标化合物之间的相容性供应商可能是缺乏相关数据的，需要研究者自行设计实验进行研究。

当使用有机溶剂或更极端的pH水平时，必须确保滤膜不会发生降解或溶解，一般最常见的情况是滤器组件中相关成分浸出到滤液中。任何浸出成分均可作为色谱图中的干扰物，影响分析的定性和定量，特别是使用质谱检测器、CAD检测及RID检测器等通用型检测器时，当然，紫外检测器的低波段也可能出现干扰物的峰，甚至在250nm、280nm这类非低波长下某些项目中我们也观察到了干扰峰。对这类干扰峰的排除，可使用等分试样（对于大多数注射器式过滤器，1~2 ml一般足够）慢速冲洗过滤器进行预清洗。这种方法可以在许多应用中显著地改善色谱图中的未知峰。极端情况下，可以先采用10ml左右的空白溶剂缓慢冲洗滤器，再使用前述方式冲洗，一般均可解决。更极端的情况是以上办法均不行，那么一般认为该品牌或该材质的滤器与本次过滤的样品溶液并不相容，需要更换滤膜材质或品牌。

分析物吸附是有时会遇到的问题，它会严重影响方法的定量性能，因为不同过滤器的吸附程度不同，它会受到样品基质变化的影响。在应用方面，尼龙和玻璃纤维材料对蛋白质和多肽表现出非常高的结合性，聚偏二氟乙烯(PVDF)或聚醚砜(PES)过滤器一般要合适得多。亲水性膜（如PVDF和聚四氟乙烯(PTFE)）对低分子量分析物的非特异性结合相比之下最低。在方法开发过程中，应始终通过评估过滤和未过滤样品（除微粒含量最高的样品外，通常可能使用所有样品）中各分析物的仪器响应值，进行过滤器与分析物的结合研究。

对于颗粒非常多或分布不均的分析物，如固体制剂样品溶液及含固体催化剂/非均相反应监控液等的过滤，增加预过滤器（如垂熔漏斗及更大孔隙的滤膜等）或采取先离心再过滤的方式可以避免堵塞较低孔隙率的膜，这样操作一般至少可以实现高于直接过滤5倍以上的样品通过。需注意的是，大多数预过滤器为玻璃纤维，与蛋白质过滤不相容，应确定使用PVDF或PES预过滤器材料的过滤器。

关于过滤器尺寸的选择，实践中往往会忽视，选择正确的过滤器尺寸是一个权衡的过程。大直径过滤器允许样品在较低压力下快速通过，且较少堵塞。然而，接触面积的增大使得它们具有较高水平的浸提物、较高的非特异性分析物结合和较大的滞留体积的风险。对于小于2ml的样品量，可使用4 mm过滤器；对于大于2ml的样品，可使用13 mm过滤器。建议对样品需求量不高的情况下，尽量使用直径较小的过滤器，以避免不必要的污染和吸附，关于过滤器孔隙，有条件的建议均使用0.22μm及以下，0.45μm孔径也可以用于常规液相色谱，但不建议用于管路更细、压力更高的液相色谱系统（如UHPLC等）。