1.1 生产设备
经常使用的生产设备清洗不彻底，灭菌不充分，这些都会使生产的产品受到污染。
1.2 生产工序
在产品生产中，要经过配料、灌装等许多个环节，会受到各种因素的影响，容易使产品的质量发生改变。如湿度太大，易使微生物繁殖；灭菌方法不当，会使微生物限度检查受到影响。
1.3 原辅料
原辅料大部分没有经过消毒处理，所以在对微生物限度检查过程中，常会出现不合格现象。
1.4 人员
生产操作人员在产品生产过程中及微生物检验员在微生物检查过程中，如果操作不当都有可能污染产品，导致产品微生物限度检查不合格。
1.5 检验方法
微生物检验方法出现了错误导致无法得出直实的结果。
1.6 环境
产品生产的洁净区和产品检验的微生物限度检查室及操作台的环境监测必须符合规定，环境监测的项目包括沉降菌检测和悬浮粒子检测等，如果有一项不合格，都有可能导致微生物限度检查不合格。
二、产品微生物超标预防整改措施
1、产品生产的洁净区和产品检验的微生物限度检查室，必须定期消毒，如采用臭氧灭菌等。洁净室每次使用完毕清洁干净，生产期间，每周臭氧消毒一次。对产品的生产设备和检验设备每月交替使用0.2%新洁尔灭溶液和 75%乙醇溶液进行日常擦拭消毒。擦拭操作台和墙壁的丝光毛巾不能混用，应严格分开。
2、控制制备时间，如提取时间、搅拌时间都不能太长，微生物限度检验时间也要控制在1h 之内，以防染菌。
3、原材料先进行灭菌处理。可以采用紫外线照射法或高温干燥法灭菌。
4、微生物检验员要确保检测方法正确，使菌落计数结果真实可信。
5、产品生产操作人员和检验人员要严格执行 GMP操作规程，上岗前进行培训。
6、检验者每次操作前的消毒处理必须彻底，不留死角，对检验所用器具根据材料的性质进行相应的灭菌。每年对干热灭菌法和湿热灭菌法所使用的设备进行验证，干热灭菌法一般用电热恒温干燥箱灭菌，采用生物指示剂枯草芽孢杆菌孢子进行验证;湿热灭菌法一般用高压蒸汽灭菌器灭菌，采用生物指示剂嗜热脂肪杆菌孢子进行验证。打开产品包装的工具，如剪刀等也应消毒，检验用的器具应清洗干净，再灭菌，吸管放液时不得接触液面，样品必须放尽。这些环节都有可能污染产品，导致实验误差，所以要根据具体情况建立科学的标准操作规程，正确熟练的掌握无菌操作。
7、化验室无菌室的操作间内不应安装下水道，照明灯应嵌在天花板内，室内墙壁应平整光滑，室内温湿度、压差和洁净级别应准确无误，净化工作台的洁净度属干B级，无菌室属干 C级，定期检测化验室净化工作台、无菌室和车间洁净区的沉降菌和悬浮粒子。还应每年一次连续三次进行沉降菌、悬浮粒子检测，测试人员必须穿戴符合环境洁净度的无菌服。静态测试时，室内测试人员不得多于两人。检测结果不合格时不得使用，重新消毒，再次检验合格后，方可使用。
8、微生物检验必须要有标准菌株且生物学特征必须典型稳定，并对菌种的保存与管理制定标准操作规程，对菌种的购买、保存、领用、确认试验以及销毁进行详细记录。
9、现在培养基配制大多使用干粉培养基，使用方便，但极易吸潮，故需妥善保存，用后需将盖盖紧，并存放于阴凉、干燥处，保证培养基的质量，若出现结块现象，请勿使用。新鲜配制的培养基应在2℃~25℃避光保存，但不得冻结，保存时间不得超过3周。每一批培养基均要进行适应性检查试验。为了避免因过度受热造成培养基质量下降和微生物污染，固体培养基的再融化只允许一次。
10、高压蒸汽灭菌法是最常用最有效的湿热灭菌方法，要选择合格的压力蒸气灭菌器，操作人员还必须了解高压蒸汽灭菌器的原理并按标准操作规程操作，要注意排尽锅内的冷空气，否则虽然压力达到，温度却达不到要求，灭菌就可能不彻底。每次灭菌时，都要用压力蒸汽灭菌化学指示卡对灭菌效果进行监测，将化学指示卡放置于玻璃缸等容器内，以免影响对化学指示卡监测结果的测定。经过一个灭菌周期处理后，指示色块颜色的深度达到或超过指示卡标准色块的颜色，表示所达到的温度和湿度持续时间已满足灭菌所需条件应放入必要的监视指标。
11、菌落数计数时，当菌落生长小而密集时，极易发生误差，应仔细观察，要分清供试品颗粒、培养基沉淀物、气泡，如肉眼看不清，可用放大镜或显微镜直接观察或挑取可疑物涂片镜检，也可以适当延长培养时间进一步观察。
12、药典规定菌落蔓延生长成片，不计其数。这是由干平皿湿度过大，使菌落葛延。
